中藥斗的排列規律是---按“橫七豎八”排列。每個大斗分成3格（對用量大的飲片也有分為2格的），每格放一種飲片。為存放質地輕泡的飲片，可在整架藥斗下層專設3個特大斗。中藥的擺放需按照中醫處方用藥的配伍規律和中藥的性能來設置，盡量將處方中經常配伍應用的飲片放在一起，便于調劑時查找。
常規是先將常用飲片放在斗架的中上層，便于調劑時稱取。如當歸、白芍與川芎；黃芪、黨參與甘草；麥冬、天冬與北沙參；金銀花、連翹與板藍根；防風、荊芥與白芷；柴胡、葛根與升麻；黃芩、黃柏與黃連；沙參、豆蔻與木香；香附、厚樸與延胡索；焦神曲、焦麥芽與焦山楂；遠志、柏子仁與酸棗仁；桔梗、苦杏仁與桑白皮；天麻、鉤藤與白蒺藜；陳皮、枳殼與枳實；附子、干姜與肉桂；澤瀉、山藥與丹皮等。
其次把質地較輕且用量較少的飲片放在斗架的高層。如月季花、白梅花與佛手花；玫瑰花、玳玳花與厚樸花；絡石藤、海風藤與青風藤；密蒙花、谷精草與木賊草等。
再把質重飲片（礦石類、化石類、貝殼類）和容易造成污染的飲片（炭藥類）放在斗架的底層。如磁石、赭石與紫英石；龍骨、龍齒與牡蠣；珍珠母、瓦楞子與石決明；寒水石、石膏與海蛤殼等；炭類藥如藕節炭、茅根炭與地榆炭；黃芩炭、黃柏炭與大黃炭；蒲黃炭；艾炭與棕櫚炭等。
較后把質地松泡且用量較大的飲片放在較下層的大藥斗內。如燈心草與通草；蘆根與茅根；茵陳與金錢草；白花蛇舌草與半枝連；竹茹與絲瓜絡；薄荷與桑葉。
